ダンボールコンポストに入れてはいけないものに、腐った物があります。腐ったものを入れると、ダンボールコンポスト内での微生物のバランスが崩れるので絶対に入れてはいけません。循環生活研究所の「堆肥づくりのススメ～コンポストのある循環生活～」によると、微生物の寿命は非常に短く、20～30分（長いもので1～２時間）で世代交代し、1個の微生物がわずか１～２日で億単位に増殖するそうです。
ということは、腐った物をダンボールコンポストに投入すると腐敗細菌が一気に増殖し、ダンボールコンポスト内の状況が悪化する事が考えられます。投入した生ごみだけでなく、ダンボールコンポストの基材全体が悪臭を放つと最悪ですし、片付けるのも大変です。生ごみ堆肥化に有益な微生物が負けない程度＆少し傷んでいる物を少量投入する位であれば大丈夫だと思いますが･･･それでも、腐敗物を投入し自ら危険をおかす必要はないと思います。
腐敗臭で、虫が寄って来る原因になったら嫌だし、虫になるべく遭遇しない為にも、コンポストに腐った物は入れるべきではないと思っています。
腐敗（ふはい）とは腐敗細菌、真菌、酵母など微生物によってタンパク質などの窒素を含んだ有機物が分解されること。通俗的には腐る（くさる）という。ただし分解によって、人間に都合のよい物質が生じる場合は発酵といわれる。
腐敗物には腐敗アミン(インドール、ケトン)などが生成分解するため独特の臭気（主に硫化水素やアンモニアなどによる悪臭）を放つ。また、腐敗によって増殖した微生物が病原性のものであった場合には有毒物質を生じ、食中毒の原因ともなる。腐敗の具体的内容は多岐にわたり、元の材料、その置かれた温度、水分などの条件によって様々に変化する。これは、基質と条件によって働く微生物が異なるのが大きな原因である。Wikipedia 腐敗より引用